Официальной датой основания театра считается 6 ноября 1932 г., когда Постановлением Городского исполнительного комитета было утверждено самостоятельное существование Театра кукол. До этой памятной даты группа энтузиастов кукольников поставила на базе ТЮЗа кукольный спектакль «Стёпка-растрёпка». Первой работой театра кукол стал спектакль «Письмо из Италии» в постановке режиссёра Риммы Андреевича Смельского.

На протяжении почти 30 лет у театра кукол не было собственного здания. Только в 1950-е гг. театр обретает первое помещение на ул. Ленина, 15. Четыре угловых окна первого этажа занимали и мастерские, и репетиционные, и бухгалтерия. Там же был и зрительный зал. На втором этаже – жилые квартиры для работников театра. В это же время происходит и творческое становление театра – труппа пополняется молодыми актерами, хотя профессиональных кукольников не готовит ни одно театральное учебное заведение в СССР. Для того, чтобы молодые могли получить необходимое профессиональное образование, в 1955 г. на базе театра была организована студия. В 1958 г. режиссёром С. Рывкиным и художником Н. Ситниковым был поставлен первый спектакль для взрослых – «Чёртова мельница» по пьесе Я. Дрды и И. Штока.

В 1964 г., после 32 лет скитаний у театра появился собственный дом на улице Мамина-Сибиряка. Театр стремительно и блестяще развивается. В 1996–1998 гг. прошла капитальная реконструкция здания, по окончании которой театр открывает сезон в новом доме. Улучшились как условия просмотра спектаклей, так и рабочие места, сцена стала в большей степени соответствовать специфике театра кукол. В новом здании появляются и новые традиции. В конце сезона в театре вручают необычную награду, названную в честь бессмертного российского скомороха «Петрушка Великий» – символ прародителя театра кукол.

Театр – неизменный участник и Лауреат российских и международных театральных фестивалей и проектов. На выставке «Окно в театр кукол России» в рамках фестиваля «Титириджа-2008» в г. Толоса в Испании Екатеринбургским кукольникам выпала честь представлять кукольное искусство современной России. В трёх залах выставки размещались эскизы, костюмы, куклы и элементы декораций художников Ю. Селаври, А. Ефимова и А. Шубина. Проект получил широкий отклик и самые высокие оценки в российской и испанской прессе.

Завоевавший авторитет не только среди кукольников России, но и имеющий широкую известность за её пределами, Екатеринбургский театр куколпо праву считается одним из лучших в России. Известный театральный критик Владимир Спешков сказал о Екатеринбургском театре кукол: «Здесь бьётся кукольное сердце России».